Zmiany w kontrolach celno-skarbowych od 1 października 2025 r. – wszystko, co musisz wiedzieć

Od 1 października 2025 roku wchodzą w życie rewolucyjne zmiany w kontrolach celno-skarbowych, które dają przedsiębiorcom nowe, niezwykle ważne możliwości obrony przed dotkliwymi sankcjami VAT. Zgodnie z nowelizacją ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej, podatnicy będą mogli złożyć nie tylko korektę, ale nawet pierwotną deklarację już po wszczęciu kontroli. W tym kompleksowym artykule dogłębnie analizujemy, jak działała dotychczasowa "pułapka" na podatników, na czym polegają kluczowe zmiany i jak w praktyce z nich skorzystać, aby skutecznie chronić finanse swojej firmy.

Stan prawny do 30 września 2025 r. – pułapka na podatników

Aby w pełni zrozumieć wagę nadchodzących zmian, należy najpierw przeanalizować obecny, restrykcyjny stan prawny. Do tej pory wszczęcie kontroli celno-skarbowej w praktyce "zamykało" podatnikowi drogę do dobrowolnej poprawy błędów.

Po pierwsze, zgodnie z art. 81b § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, uprawnienie do skorygowania deklaracji zostaje zawieszone na czas trwania kontroli. Co więcej, nieprecyzyjne przepisy były często interpretowane przez organy w ten sposób, że w przypadku niezłożenia deklaracji w ogóle, wszczęcie kontroli uniemożliwiało jej złożenie po terminie. Przedsiębiorca, który popełnił błąd lub przeoczył termin, od momentu otrzymania upoważnienia do kontroli tracił możliwość samodzielnego naprawienia sytuacji.

W efekcie, po zakończeniu kontroli i doręczeniu jej wyniku, naczelnik urzędu celno-skarbowego ustalał wysokość zaległości i niemal automatycznie wymierzał dodatkowe zobowiązanie podatkowe w VAT. To dotkliwa kara finansowa, znana jako sankcja VAT, której podstawowa stawka wynosi 30% kwoty zaniżenia zobowiązania (art. 112b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT). Taki mechanizm uderzał nie tylko w oszustów, ale i w rzetelnych przedsiębiorców, którzy popełnili nieświadomy błąd.

Nowe zasady od 1 października 2025 r. – kluczowe zmiany i nowe terminy

Nowelizacja ustawy o KAS całkowicie zmienia ten obraz. Ustawodawca wprowadza jasne i korzystne dla podatników zasady, które można nazwać "oknami czasowymi" na reakcję.

Nowe przepisy wprost wskazują, że kontrolowany ma prawo złożyć deklarację (jeśli nie została złożona) lub jej korektę w zakresie objętym kontrolą. Można to zrobić w dwóch kluczowych momentach:

• W terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. To pierwsze "okno", które pozwala na szybką reakcję zaraz po rozpoczęciu weryfikacji.
• W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli. To druga, niezwykle ważna szansa na reakcję po zapoznaniu się z oficjalnymi ustaleniami organu.

To rewolucyjne odejście od dotychczasowej zasady "zamrożenia" możliwości działania. Przedsiębiorca zyskuje czas i klarowne ramy prawne, aby naprawić swoje rozliczenia.

Nowość: Możliwość częściowej korekty i ograniczenie sporu

Jedną z najważniejszych i najbardziej praktycznych zmian jest wprowadzenie możliwości złożenia korekty w zakresie części nieprawidłowości stwierdzonych w wyniku kontroli. Do tej pory podatnik stawał przed trudnym wyborem: albo akceptował wszystkie ustalenia organu i korygował całość rozliczeń, albo kwestionował wszystko i wdawał się w spór o pełną kwotę.

Ta zmiana daje ogromną elastyczność i pozwala na strategiczne zarządzanie ryzykiem podatkowym w trakcie sporu z administracją skarbową.

Sankcje VAT po zmianach – jak uniknąć 30% lub obniżyć karę do 15%?

Nowe przepisy dotyczące składania korekt bezpośrednio wpływają na wysokość sankcji VAT. Zrozumienie tych mechanizmów jest kluczowe dla ochrony finansów firmy.

• Całkowite uniknięcie sankcji 30%: Podstawowa sankcja 30% jest wymierzana, gdy podatnik biernie czeka na decyzję organu. Aktywne działanie, czyli złożenie korekty w jednym z 14-dniowych terminów, pozwala na uniknięcie tej najdotkliwszej kary.
• Obniżenie sankcji do 15%: Nowelizacja zmienia również art. 112b ust. 2a ustawy o VAT. Zgodnie z nowym brzmieniem, jeżeli podatnik złoży deklarację lub korektę zgodnie z nowymi przepisami ustawy o KAS i najpóźniej w dniu jej złożenia wpłaci całą kwotę zobowiązania, naczelnik urzędu celno-skarbowego ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 15%.

Oznacza to, że choć złożenie korekty nie eliminuje sankcji całkowicie, to obniża jej maksymalny wymiar o połowę (z 30% do 15%). Użycie sformułowania "do 15%" daje organowi możliwość dalszego miarkowania kary, w zależności od okoliczności sprawy. To ogromna i korzystna zmiana w porównaniu do dotychczasowej, sztywnej stawki 20% w podobnych sytuacjach.

Jak w praktyce skorzystać z nowych uprawnień? Poradnik krok po kroku

Aby skutecznie wykorzystać nowe przepisy, przedsiębiorca powinien działać szybko i metodycznie. Poniżej przedstawiamy scenariusz postępowania.

• Krok 1: Otrzymanie upoważnienia do kontroli. Od tego dnia zaczyna biec pierwszy 14-dniowy termin. Natychmiast rozpocznij wewnętrzną analizę.
• Krok 2: Analiza zakresu kontroli i weryfikacja ksiąg. Dokładnie sprawdź, jaki okres i podatek jest kontrolowany. Z pomocą doradcy podatkowego dokonaj przeglądu rozliczeń z tego okresu.
• Krok 3: Podjęcie decyzji w ciągu 14 dni. Jeśli znajdziesz błąd, zdecyduj, czy składasz korektę już teraz.
• Krok 4: Otrzymanie wyniku kontroli. Po zakończeniu czynności kontrolnych organ doręczy Ci formalny wynik. Od tego dnia masz drugie 14 dni na reakcję.
• Krok 5: Złożenie deklaracji/korekty (pełnej lub częściowej). Przygotuj i wyślij elektronicznie odpowiedni dokument, uwzględniając całość lub część ustaleń organu.
• Krok 6: Dokonanie zapłaty. Najpóźniej w dniu złożenia korekty, wpłać na mikrorachunek podatkowy kwotę zaległości wraz z odsetkami, wynikającą ze złożonej korekty.

Kogo dotyczą zmiany i jakie są ograniczenia?

Nowe przepisy mają szerokie zastosowanie, ale nie są bezwarunkowe. Dotyczą one kontroli celno-skarbowych prowadzonych przez naczelników urzędów celno-skarbowych (KAS). Na ten moment nie obejmują "zwykłych" kontroli podatkowych prowadzonych przez urzędy skarbowe na podstawie Ordynacji podatkowej.

Należy pamiętać, że "furtka" do uniknięcia sankcji pozostanie zamknięta, jeśli nieprawidłowości w rozliczeniach są wynikiem świadomego oszustwa podatkowego (np. udział w karuzeli VAT, posługiwanie się "pustymi fakturami"). Celem nowelizacji jest pomoc rzetelnym podatnikom, a nie ochrona przestępców skarbowych.

Podsumowanie – co ta zmiana oznacza dla Twojej firmy?

Zmiany wchodzące w życie 1 października 2025 roku to jedna z najbardziej prokonsumenckich nowelizacji w prawie podatkowym ostatnich lat. Dla Twojej firmy oznacza to realne i wymierne korzyści:

• Znaczące zmniejszenie ryzyka finansowego poprzez możliwość obniżenia sankcji VAT z 30% do 15%.
• Większa pewność i elastyczność prawna dzięki jasnym terminom i opcji częściowej korekty.
• Promowanie postawy współpracy i szansa na szybsze zakończenie postępowań.
• Wzrost znaczenia strategicznego podejścia do kontroli i szybkiego reagowania.

Najczęściej zadawane pytania (FAQ)

• Czy nowe procedury dotyczą też kontroli podatkowych prowadzonych przez urzędy skarbowe?

  Nie, w obecnym kształcie nowelizacja dotyczy wyłącznie kontroli celno-skarbowych regulowanych ustawą o KAS. Kontrole podatkowe z Ordynacji podatkowej na razie pozostają bez zmian.

• Co jeśli nie zgadzam się z częścią ustaleń kontroli?

  To jedna z kluczowych korzyści nowelizacji. Możesz złożyć korektę tylko w zakresie, w którym zgadzasz się z organem, a w pozostałej części prowadzić spór. Pozwala to ograniczyć zakres i koszty dalszego postępowania.

• Czy złożenie częściowej korekty wpłynie na moją odpowiedzialność karno-skarbową?

  To skomplikowana kwestia. Na ten moment nowelizacja nie wprowadza zmian w Kodeksie Karnym Skarbowym (KKS). Złożenie częściowej korekty może mieć wpływ na ocenę stopnia winy (np. w kontekście art. 16a KKS), ale nie zwalnia automatycznie z odpowiedzialności. Każdą taką sytuację należy analizować indywidualnie z prawnikiem.

• Czy muszę zapłacić odsetki, aby skorzystać z obniżonej sankcji?

  Tak, jest to warunek absolutnie konieczny. Aby skorzystać z obniżonej, 15% sankcji, należy wpłacić całą kwotę zaległego podatku wynikającą z korekty wraz z należnymi odsetkami za zwłokę.

Zmiany te, podobnie jak inne inicjatywy uszczelniające system podatkowy, takie jak obowiązkowy Krajowy System e-Faktur, kładą nacisk na poprawność rozliczeń w czasie rzeczywistym. Jednak w przeciwieństwie do wielu innych regulacji, ta nowelizacja daje podatnikowi realne narzędzie obrony.